立体显微镜是由一个共用的初级物镜，对物体成像后的两个光束被两组中间物镜亦称变焦镜分开，并组成一定的角度称为体视角一般为12度--15度，再经各自的目镜成像，它的倍率变化是由改变中间镜组之间的距离而获得，利用双通道光路，双目镜筒中的左右两光束不是平行，而是具有一定的夹角，为左右两眼提供一个具有立体感的图像。
根据实际的使用要求，目前的可选配丰富的附件，可通过各种数码接口和数码相机、显微镜摄像头、电子目镜和图像分析软件组成数码成像系统接入计算机进行分析处理，照明系统也有反射光、透射光照明等等。
立体显微镜使用方法：
(1)装好显微镜后，在确保供电电压与显微镜的额定电压一致后方可插上电源插头，打开电源开关，并选择照明方式;
(2)根据所观察的标本，选好台板(观察透明标本时，选用毛玻璃台板;观察不透明标本，选用黑白台板)，装入底座台板孔内，并锁紧;
(3)松开调焦滑座上的紧固螺钉，调节镜体的高度，目测工作距离在80mm左右，(使其与所选用的物镜放大倍数大体一致的工作距离)调好后，锁紧托架，将安全环紧靠调焦托架并锁紧;
(4)装好目镜，先将目镜筒上的螺钉松开，装好目镜后再将此螺钉拧紧(目镜放进目镜筒时，要特别小心，不要手触摸镜头透镜表面);
(5)调好瞳距，当使用者通过两个目镜观察视场时中不是一个圆形视场时，应扳动两棱镜箱，改变目镜筒的出瞳距离，使之达到能观察到一个*重合的圆形视场(说明瞳距已调好);
(6)观察标本(对标本调焦)。先将左目镜筒上的视度圈调至0刻线位置。通常情况下，先从右目镜筒(即固定目镜筒)中观察，将变倍筒(有变倍装置机型时)转至高倍位置，转动调焦手轮对标本调焦，直至标本的像清晰后，再把变倍筒转至低倍位置，此时，用左目镜筒观察，如不清晰则沿轴向调节目镜筒上的视度圈，直到标本的像清晰，然后再双目观察其调焦效果;
(7)结束观察时，关掉电源，移走标本，用防尘罩将立体显微镜严密罩盖。
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