立体显微镜因其所具备的众多优点在工农业和科研各部门有着广泛的应用。若在使用过程中出现一些问题可根据实际情况自行解决。根据实际使用情况常见的故障有：视场较模糊或有脏物，可能的原因有标本上有脏物，目镜表面有脏物，物镜表面有脏物，工作板表面有脏物。可根据实际情况采取清洁标本，目镜，物镜和工作板表面的脏物解决。双像不重合可能的原因为瞳距调节不正确可采取修正瞳距的措施，双像不重合也可能是视度调节不正确可采取重新进行视度调节，还有可能是左右目镜倍率不同可检查目镜并重新安装相同倍率的目镜。如果是图像不清晰可能是物镜表面有脏物请清洁物镜。如果变焦时图像不清晰有可能是视度调整不正确和调焦不正确，可重新进行视度调节和调焦。若发生灯泡经常烧掉和灯光闪烁不定的情况时，则也许是当地的线电压太高，灯泡快烧坏了和电线连接不良，请仔细检查电压和显微镜的电线连接情况是否牢固，如不是则可能是灯泡快烧坏了可重新更换灯泡解决。
使用立体显微镜采用入射光观察的标本，它的准备工作十分简单，只是清洁标本的表面并切割为适当大小的小块。而用透射光观察的标本，必须具有由于光吸收的差异而产生的一定反差，才能在显微镜下被观察到。为此，标本必须经过一系列复杂的处理和制备过程，这种制备技术就是我们一般所说的生物显微技术。从光学观点出发，对于用透射光观察的立体显微镜标本有如下要求：
(1)适当的厚度。这种厚度在较好的光学系统中能够达到尽可能高的分辨力，并且与这个系统的场深相适应。
(2)足够的透明度。
(3)能够形成建立在吸收差异上的足够的反差。
实际上所有的生物学材料通过石蜡包埋、切片(或涂片)、贴附、溶蜡、透明等过程，能够得到在厚度和透明度上符各要求的标本，然后通过染色程序得到一定程度的反差。
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