体视显微镜因其所具备的众多优点在工农业和科研各部门有着广泛的应用。若在使用过程中出现一些问题可根据实际情况自行解决。根据实际使用情况常见的故障有：视场较模糊或有脏物，可能的原因有标本上有脏物，目镜表面有脏物，物镜表面有脏物，工作板表面有脏物。
可根据实际情况采取清洁标本，目镜，物镜和工作板表面的脏物解决。双像不重合可能的原因为瞳距调节不正确可采取修正瞳距的措施，双像不重合也可能是视度调节不正确可采取重新进行视度调节，还有可能是左右目镜倍率不同可检查目镜并重新安装相同倍率的目镜。如果是图像不清晰可能是物镜表面有脏物请清洁物镜。如果变焦时图像不清晰有可能是视度调整不正确和调焦不正确，可重新进行视度调节和调焦。
眼睛疲劳是操作人员面临的一个主要问题，特别是对于有近视眼、远视眼或者散光问题的人。不正确的坐姿和使用方法往往会造成这样的问题。
很多人说看多了会头晕，我没有碰到过这样的问题，只能猜测原因可能是多方面造成的。仅就个人经验进行分享。
1.绝大多数的体视镜放大倍数在50倍以下；为了提高放大倍数观察更细小的结构，可以增加一个增倍镜。好处是可以更清晰地观察细微结构，但是景深会变浅，对于廉价显微镜来说，视像边缘可能会有紫边问题，造成观察障碍且看起来很不舒服。
2.调节瞳距
调节目镜筒的距离来实现。两个眼睛要看到相同的视野，必须看到同一个圆形视野才算是调节成功。为了扩大观察视野，有时候可以短时间观察两个视野，但是时间长了会累。
3.目镜屈光度调节
一般是旋转目镜镜头来实现。屈光度调节因人而异，不同人两个眼的屈光度不一样。现在很多体视镜的两个目镜都可以自由调节屈光度，有些体视镜可能只有一个目镜可以调节。屈光度调整不好的话，两个眼睛看到的图像清晰度是不同的。一般的调整方法是，闭上一个眼睛，调整观察眼的目镜的屈光至观察清晰；然后同样的方法调整另一个眼睛的屈光度。
4.可以戴着眼镜进行观察吗？
可以的！以前考研的时候可能会有类似的考题，观察的时候是否可以戴眼镜，正确答案我也不知道。但是现在技术早就允许你戴着眼镜观察了。很多人在进行显微镜操作的时候总是习惯把眼镜摘下来，如果一直在镜子下操作是可以理解的，有助于你全神贯注进行观察。但是观察的时候通常还需要一边做记录，近视眼的话来回切换，眼镜疲劳是难以避免的。这样长时间工作会损害你娇嫩的眼睛。
我推荐近视眼的你尽量戴着眼镜进行观察。尽管环境光线可能会对你有所干扰，但是你不会因为长时间工作而眼疲劳。这样使用体视镜观察一天都不会觉得太累。
方法：目镜上一般会有个眼罩，眼罩的作用就是当你用裸眼观察的时候防止环境光线的干扰，让你的眼睛和目镜之间自然形成一个保护距离。戴眼镜观察的时候，把这个眼罩拿掉就可以了。
5.靠拍照记录观察结果可靠吗？
不是那么可靠。裸眼观察的时候，你看到的图像是立体的。拍成图片后就是二维的了。信息损失在所难免。尽管现在ccd的像素数量得到了很大提升，但是和眼睛观察相比，仍然有逊色的地方，比如存在图像畸变、光线不合适导致的对比度不清晰、标本的摆放特点导致拍摄角度不合适等。所以，观察的时候仍然需要拿纸笔进行简单记录，线条图、文字描述。图片的好处是可以帮助你回忆，还原颜色等信息。不可能依赖拍照解决一切问题。
6.重要原则：心中有，眼里才能看得到
体视显微镜下的细*状或者特征不会自己跳出来，告诉你它是谁。别人常说的某种结构，你如果没有接触过，对着标本也不见得你能指出它的位置。各种形态结构在标本上都是联系在一起的，不同结构之间的区别和联系需要耐心细致的观察才能发现他们之间微妙的界限。
所以，对于陌生类群的标本要一边观察标本一边拿着参考资料不断比对。最好是有标准品拿来解剖一遍，把各种形态摸清楚。对陌生标本的观察是对未知世界的一次探索，如果没有对形态结构的先天的区分概念，我们很难找到它们的区别和联系。这不是玄学，这是客观规律。
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