经常性的维护
（1）防潮如果室内潮湿，光学镜片就容易生霉、生雾。镜片一旦生霉，很难除去。显微镜内部的镜片由于不便擦拭，潮湿对其危害性更大。机械零件受潮后，容易生锈。为了防潮，存放显微镜时，除了选择干燥的房间外，存放地点也应离墙、离地、远离湿源。显微镜箱内应放置1～2袋硅胶作干燥剂。并经常对硅胶进行烘烤。在其颜色变粉红后，应及时烘烤，烘烤后再继续使用。
（2）防尘光学元件表面落入灰尘，不仅影响光线通过，而且经光学系统放大后，会生成很大的污斑，影响观察。灰尘、砂粒落入机械部分，还会增加磨损，引起运动受阻，危害同样很大。因此，必须经常保持显微镜的清洁。
（3）防腐蚀显微镜不能和具有腐蚀性的化学试剂放在一起。如硫酸、盐酸、强碱等。
（4）防热防热的目的主要是为了避免热胀冷缩引起镜片的开胶与脱落。
（5）请勿触碰尖锐的物品，如铁钉、针等。
（6）非相关人员请勿随意动用。
光学系统擦拭
平时对显微镜的各光学部分的表面，用干净的毛笔清扫或用擦镜纸擦拭干净即行。在镜片上有抹不掉的污物、油渍或手指印时，镜片生霉、生雾以及长期停用后复用时，都需要先进行擦拭再使用。
（1）擦拭范围目镜和聚光镜允许拆开擦拭。物镜因结构复杂，装配时又要专门的仪器来校正才能恢复原有的精度，故严禁拆开擦拭。
拆卸目镜和聚光镜时，要注意以下几点：
a、小心谨慎。
b、拆卸时，要标记各元件的相对位置（可在外壳上划线作标记）、相对顺序和镜片的正反面，以防重装时弄错。
c、操作环境应保持清洁、干燥。拆卸目镜时，只要从两端旋出上下两块透镜即可。目镜内的视场光栏不能移动。否则，会使视场界线模糊。聚光镜旋开后严禁进一步分解其上透镜。因其上透镜是油浸的，出厂时经过良好的密封，再分解会破坏它的密封性能而损坏。
显微镜的常见故障排除
4物镜转换器转动困难或定位失灵
转换器转动困难可能是固定螺丝太紧。使转动困难,并会损坏零件。太松,里面的轴承弹珠就会脱离轨道,挤在一起,同样使转动困难；另外弹珠很可能跑到外面来，弹珠的直径仅有一毫米,很容易遗失。固定螺丝的松紧程度以转换器在转动时轻松自如,垂直方向没有松动的间隙为准。调整好固定螺丝后,应随即把锁定螺丝锁紧。不然的话,转换器转动后,又会发生问题。
转换器定位失灵有时可能是定位簧片断裂或弹性变形而造成。一般只要更换簧片就行了。
5镜架镜臀倾斜时固定不住
这是镜架和底座的连接螺丝松动所致。可用专用的双头板手或用尖咀钳卡住双眼螺母的两个孔眼用力旋紧即可。如旋紧后不解决问题,则需在螺母里加垫适当的垫片来解决。
当显示屏上的图像有切割的时候，就要考虑一下拉杆移动有没有到位；如果没有到位，把相对应的拉杆移动到位就可以了。
6使用过程中发现有脏点
如果发现显示屏上的图像有脏点，这时候就要考虑是不是标本室有脏物，如果发现标本室里面没有脏物，再检查一下物镜表面有没有脏物，如果有赃物显示器上就会显示有脏点，解决的办法也很简单，只要把物镜表面和标本室里的脏物清除了就可以了。
7调节变焦时图像不清晰
如果发现调节变焦时图像不清晰，要检查一下高倍调焦是不是清晰，如果不清晰那么只要把它调置最高倍，再做重新调焦即可。
（2）．擦拭方法先用干净的毛笔或吹风球除去镜片表面的灰尘。然后用干净的绒布从镜片中心开始向边缘作螺旋形单向运动。擦完一次把绒布换一个地方再擦，直至擦净为止。如果镜片上有油渍、污物或指印等擦不掉时，可用柳枝条裹上脱脂棉，蘸少量酒精和乙醚混合液（酒精80%，乙醚20%）擦拭。如果有较重的霉点或霉斑无法除去时，可用棉签蘸水润湿后粘上碳酸钙粉（含量为99%以上）进行擦拭。擦拭后，应将粉末清除干净。镜片是否擦净，可用镜片上的反射光线进行观察检查。要注意的是，擦拭前一定要将灰尘除净。否则，灰尘中的砂粒会将镜面划起沟纹。不准用毛巾、手帕、衣服等去擦拭镜片。酒精乙醚混合液不可用的太多，以免液体进入镜片的粘接部使镜片脱胶。镜片表面有一层紫蓝色的透光膜，不要误作污物将其擦去。
机械部分擦拭
表面涂漆部分，可用布擦拭。但不能使用酒精等有机溶剂擦，以免脱漆。没有涂漆的部分若有锈，可用布蘸汽油擦去。擦净后重新上好防护油脂即可。
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